Warszawa - serce Polski - wciąż bije…

Niestety, w 1939 roku wybuchła II wojna światowa: najstraszniejszy okres w historii naszego miasta. Warszawa straciła ok. 2/3 ludności, czyli ponad 800 tysięcy. Miasto było niszczone, a jednak… istniała sieć szkolnictwa zawodowego.
Działalność Pijanowskiego jako nauczyciela i wychowawcy w sposób jedynie formalny przerwała wojna.
Zamknięcie uczelni nie załamało młodego docenta.
W trudnych warunkach okupacji podjął pracę w Instytucie Przemysłu Fermentacyjnego w Warszawie jako kierownik Działu Analitycznego. Praca ta, choć w dużym stopniu usługowa, dała docentowi Pijanowskiemu możliwość prowadzenia badań nad porównywaniem przydatności różnych metod analitycznych oraz wykorzystaniem do celów żywnościowych różnych rezerw białka.
W 1939 roku Eugeniusz Pijanowski jako kierownik sekcji analitycznej wziął udział w Ogólnopolskim Kursie Gorzelnianym.

Na zdjęciu podczas Konkursu- w pierwszym rzędzie, 6 od prawej.

Równocześnie Patron spełniał swój obowiązek dydaktyczny ,prowadząc od 1941 r. wykłady i ćwiczenia z technologii przemysłów rolnych i spożywczych w Liceum Rolniczym i w Instytucie Przemysłu Fermentacyjnego, co stanowiło formę tajnego SGGW.

W Warszawie działała ponadto Prywatna Szkoła Rolnicza Stanisława Wiśniewskiego, gdzie wykładali bezrobotni wówczas profesorowie SGGW. Szkołę tę ukończył m.in. prof. dr hab.Andrzej Brudzyński, którego "Mistrzem, Wychowawcą i Promotorem pracy doktorskiej" był właśnie Eugeniusz Pijanowski!!!

Andrzej Brudzyński był pierwszym powojennym rocznikiem studentów SGGW- kierunku :przemysł rolny.